Sergio Almaguer nació en Monterrey, sin embargo inició su carrera en el club Ángeles de Puebla. Vistió el jersey del equipo durante una temporada, donde disputó 27 partidos y marcó solo tres goles. Para el siguiente torneo fichó por el Puebla, con la Franja se consagró campeón de liga en la 89-90, siendo el segundo título del club y el último.
Vivió una transformación en su vida deportiva, pues pasó de jugar como “9” a ser un defensa central. Para el Invierno del 97 fichó por el Necaxa, ahí vivió una etapa exitosa, pues ganó la liga en el Invierno 98 y consiguió el Campeón de Campeones de CONCACAF de 1999. También disputó el primer mundial de clubes contra el Real Madrid, Manchester United y Vasco de Gama en el año 2000.
Después de jugar cuatro años con Necaxa, firmó con el Cruz Azul, donde disputó la final de la Copa Libertadores ante Boca Juniors en el 2001. El 29 de agosto del 2002 fue cedido, por un año, al Galatasaray de Turquía donde jugó en cuatro partidos de liga y tres encuentros oficiales de la UEFA Champions League.
Tras su retiro, Almaguer comenzó su carrera como director técnico, llegando a dirigir la selección nacional Sub-20. En el Clausura 2023 fungió como segundo entrenador de Rayados de Monterrey junto a Víctor Manuel Vucetich y actualmente se encuentra libre.
Una transformación de su vida deportiva que lo llevaron a convertirse en una Leyenda Enfranjada
